W roku 1685 w miejscu starego kościoła z inicjatywy opata zakonu krzeszowskiego Bernarda Rosy rozpoczęto wznoszenie nowej świątyni. Projekty budowli wykonał w 1684 roku klasz­torny mistrz budowlany Martin Urban. Po zakończeniu prac przy tym obiekcie rozpoczął (w 1690 r.) budo­wę kościoła pw. św. Józefa w Krzeszowie.

Kościół jest orientowany na osi wschód-zachód. Ma zwartą sylwetkę, zakrystia nie została wyodrębniona w bryle, znajduje się za prezbiterium. Od zachodu dostawiono wysoką, masywną wieżę, w dolnej części na planie kwadratu, a w zwieńczeniu ośmioboczną z dwukondygnacyjnym heł­mem z prześwitem. Pomiędzy szkarpami przylegającymi do wieży znajduje się kruchta, jednak główne wejście usytuowa­no przy elewacji północnej. Występują dwie kondygnacje okien: duże, zamknięte półkoliście i okulusy. Elewacje boczne są pięcioosiowe. Od strony wsi budynek prezentuje się w sposób bardziej okazały, a elewacja północna peł­ni rolę fasady. Por­tal główny flankowany jest dwoma pilastrami na cokołach, z wysuniętymi głowicami z irnpostami.

Wnętrze utrzymane jest w stylu baroko­wym. Po stronie zachodniej znajduje się obszerna empora organowa wsparta na dwóch filarach, z zachowanym prospektem organowym z XVIII w. Do tej empory przy­legają dwa ciągi empor przy ścianach bocz­nych. Filary przyścienne rozdzielają empory i tworzą w dolnej części płytkie wnęki, w których umieszczono ołtarze boczne lub rzeźby świętych. Przypomina to wąskie, nie­połączone ze sobą kaplice, których sklepie­nia są założone poprzecznie do nawy. Fi­lary zdobią kompozytowe pilastry w wiel­kim porządku na wysokich cokołach. Wnę­trze przykryte jest sklepieniem kolebkowym z lunetami. Umieszczono na nim owalne ramy sztukatorskie z malowidłami przedsta­wiającymi świętych i Matkę Boską z Dzie­ciątkiem.

   Najcenniejszym zabytkiem kościoła jest ołtarz główny, który trafił do bogaczowickiej świątyni w 1728 roku z rozebranego starego kościoła opackiego w Krzeszowie. Nastawa ta powstała w 1703 roku z fundacji krzeszowskiego opata Dominicusa Geyera jako ołtarz kaplicy bocznej, na którym ustawiona była cudowna figurka krzeszowskiego Emmanuela. Już w Starych Bogaczowicach do oryginalnej struktury ołtarza dodano nowe elementy. Powyżej obrazu Johanna Claessensa „Pokłon pasterzy”, który przez wiele lat uznawany był za dzieło samego Michaela Willmanna,  umieszczone zostało płótno pędzla Franza Heigla z przedstawieniem wniebowzięcie Chrystusa. Natomiast do oryginalnych rzeźb dłuta Georga Schröttera w górnej kondygnacji nastawy (św. Aniela, św. Benedykt z Nursji, św. Jadwiga, książę Henryk II Pobożny) dodano w dolnym piętrze znakomite rzeźby Matki Boskiej (lewa strona) oraz Chrystusa Oblubieńca (prawa strona), które wykonał anonimowy rzeźbiarz zwany Mistrzem Figur ze Starych Bogaczowic.           Trzy bogato rzeźbione ołtarze boczne zostały wykonane w latach 1685–1689 w krzeszowskim warsztacie rzeźbiarskim Georga Schröttera z przeznaczeniem do bogaczowickiej świątyni. Niestety, dwa z nich są pozbawione oryginalnych obrazów, które zostały skradzione w 2000 roku. Przedstawiały one św. Jadwigę oraz Archanioła Michała. W centrum trzeciego ołtarza znajduje się rzeźba Matki Boskiej z Dzieciątkiem, a w zwieńczeniu przedstawienie św. Bernarda z Clairvaux. Cenne wyposażenie bogaczowickiej świątyni stanowi całopostaciowa rzeźba św. Mikołaja, kolejne dzieło Mistrza Figur ze Starych Bogaczowic z lat 1708–1730, które w XIX wieku zostało przeniesione ze zburzonego miejscowego kościoła pw. św. Mikołaja. Uwagę należy zwrócić również na bogato zdobioną ambonę, wykonaną w warsztacie Schröttera, Drewniana, polichromowana i rzeźbiona ambona pochodzi z końca XVII w. jej charakterystycznym elemen­tem jest malowane tondo z wizerun­kiem św. Jana Chrzciciela, wielkiego głosiciela dobrej nowiny, oraz gołębi­ca symbolizująca Ducha Świętego. Cenna jest także na chrzcielnica z przedstawieniem Trójcy Świętej oraz organy. Sklepienie zdobią plafony z dziewiętnastowiecznymi malowidłami freskowymi przedstawiającymi świętych.

W roku 1826 przeprowadzono przebudowę dachu a odrestaurowano obiekt w latach 1930, 1964, 2008.