Wieś jest po raz pierwszy wymieniona w dokumentach z 1228 roku, w aktach związanych z założeniem klasztoru henrykowskiego. W Księdze Henrykowskiej mowa jest o tym, że książę Henryk I Brodaty podarował klasztorowi 50 łanów w Chwaliszowie. Nadanie to miało miejsce 6 czerwca 1228 roku, z okazji poświęcenia dwóch ołtarzy w kościele henrykowskim, przy okazji potwierdzenia wcześniejszej darowizny zmarłego w 1227 roku kanonika Mikołaja konwentowi henrykowskiemu. Wspomniane nadanie wymienione jest ponownie w dokumencie księcia Bolesława II z 1263 roku oraz w dokumencie biskupa Tomasza I z tegoż roku. Wiadomo również, że w 1263 roku wieś była lokowana na prawie niemieckim. W dokumencie z 1265 roku wymieniony był sołtys Theodor. W 1292 roku Chwaliszów wraz ze Starymi Bogaczowicami przekazany został konwentowi cysterskiemu w Krzeszowie, które to nadanie potwierdzone było w dokumentach księcia Bolka I również w latach 1293 i w 1299 Bolko I pozostawił sobie jednak prawo książęce do wsi. Po 1300 roku posiadłości we wsiach były przez cystersów rozszerzane.
W 1547 roku opat krzeszowski Johann V zastawił Stare i Nowe Bogaczowice oraz Chwaliszów radcy cesarskiemu Hansowi von Schaffgotsch; w 1571 roku opat Krzeszowa Christoph Scholtz odkupił te miejscowości od Hansa Schaffgotscha - miejscowość stała się ponownie własnością klasztorną.
W okresie wojny siedmioletniej dwukrotnie zakładane były w miejscowości kwatery polowe wojsk pruskich. Poprzez przynależność do dóbr klasztoru krzeszowskiego historia wsi jest zbieżna z historią konwentu oraz innych okolicznych posiadłości cysterskich (vide: Stare Bogaczowice). Chwaliszów zawsze należał do parafii w Starych Bogaczowicach.
Po sekularyzacji dóbr klasztornych w 1810 roku włość cysterska (1180 ha gruntów) przeszła na własność skarbu państwa.
W Chwaliszowie, podobnie jak w okolicznych miejscowościach rozwijało się tkactwo lnu.